Tidigare i veckan sade samma myndighet nej till hans kandidatur med hänvisning till den nya lag som det styrande militärrådet antagit. Enligt den får ingen som varit vice president eller premiärminister under Mubaraks sista tio år vid makten kandidera i det egyptiska valet.
Analytiker säger att Shafiq är militärens favorit och har stora chanser att vinna valet i maj.
TT-Reuters