Hon antydde även att inrättandet av en flygfri zon över Syrien är ett av alternativen som diskuterats vid mötet med den turkiske utrikesministern Ahmet Davutoglu.
-Vi har haft ett nära samarbete under denna konflikt. Men nu behöver vi ge oss in i verkliga detaljer som operativ planering - och det behövs göras hos båda våra regeringar, sade Clinton till journalister i Istanbul efter mötet.
-Våra underrättelsetjänster och vår militär har stort ansvar och viktiga uppgifter att utföra, så vi kommer att inrätta en arbetsgrupp som arbetar med dessa frågor, sade Clinton enligt Reuters.
Strider utbröt mellan jordanska och syriska regeringsstyrkor vid gränsen mellan de båda länderna på fredagskvällen. En syrisk oppositionsaktivist som blev vittne till händelsen uppgav att skottlossningen bröt ut sedan syriska flyktingar försökt ta sig över gränsen till Jordanien.
En jordansk källa säger till Reuters att striderna startade sedan syriska soldater skjutit över gränsen, och att de inte verkar ha resulterat i några jordanska förluster.
Jordanska soldater har tidigare skjutit vid gränsen för att hindra syriska trupper från att skjuta mot flyende, men fredagskvällens skärmytsling framstår som den allvarligaste incidenten mellan de båda grannländerna sedan upproret mot president Bashar al-Assad inleddes för 17 månader sedan. Den ägde rum i Tel Shihab-Turraområdet, cirka åtta mil norr om Jordaniens huvudstad Amman.
-Syriska soldaterna sköt in mot Jordanien efter flyktingar och jordanierna besvarade elden. Striderna trappades upp och jordanska pansarfordon besköt och träffade två syriska gränsposteringar, sade den syriske aktivisten Abdallah.
Han berättade att eldstriden var intensiv i en timmes tid och därefter sporadisk.
Syriens långa gräns mot Jordanien har varit en flyktväg för regimmotståndare som vill lämna landet. En av dem är premiärminister Riyad Hijab som hoppade av tidigare i veckan.
TT-Reuters