Transaktionerna som dragits dubbelt har skett i slutet av juni och berör kunder hos ett flertal av landets banker, skriver Aftonbladet.
Kunder hos Danske Bank, Handelsbanken, SEB och Swedbank uppges vara drabbade.
Felet ska ha upptäckts under natten mot tisdag.
– När det upptäcktes skickades en rättningsfil så att beloppen kan justeras. Det kan ta ett tag innan det går igenom för alla drabbade men jag skulle tro att allt har rättats till vid dagens slut. Vi beklagar såklart det inträffade. Det ska inte hända, säger Gabriel Francke Rodau, tf. kommunikationschef på Swedbank till Aftonbladet.
Om kunder ändå skulle upptäcka att transaktionerna inte justerats efter dagens slut uppmanar Francke Rodau att man som kund bör kontakta sin bank.