Det är ännu oklart om mannen befann sig i huset när det fattade eld.
Räddningstjänst och polis har inte kunnat gå in i huset, eftersom det fortfarande brinner.
-Tidigast på torsdagen kan vi inleda en teknisk undersökning, säger Erik Johansson som är vakthavande befäl hos polisen i Norrbotten.
Larmet om branden i Aapua kom vid 6.30-tiden på onsdagsmorgonen. När brandmän från Rantajärvi, Pajala och Övertorneå kom till platsen, var huset redan övertänt. Rökdykare försökte ta sig in i byggnaden, men var tvungna att ge upp.