Oroligheterna började tidigare den här månaden i delstaten an-Nil al-Azraq (Blå Nilen) i sydost, som gränsar till Etiopien och Sydsudan, och handlar om en landstvist mellan de två etniska grupperingarna hausa och birta.
Under veckan eskalerade spänningarna i orten Wad el-Mahi. Enligt myndigheterna är risken stor att dödssiffran stiger ytterligare eftersom räddningstjänsten inte kunnat nå stridigheternas centrum.
Videoklipp visar brända hus, förkolnade kroppar och kvinnor och barn som flyr till fots. Tusentals människor har flytt till andra städer, enligt FN:s kontor för samordning av humanitär hjälp (OCHA).
Organisationen uppger samtidigt att sammanlagt över 211 000 personer i år har tvingats lämna sina hem runtom i landet på grund av oroligheter.
Sammandrabbningarna äger rum samtidigt som militärjuntan som styr Sudan snart firar ett år vid makten. Juntan tog makten i en kupp under hösten förra året, men har misslyckats att hålla ordning i avlägsna områden söderut.