De ska bland annat ha stulit både utrustning och pengar från sportmärket Nike, som var Kenyas lagsponsor i sommarspelen. På torsdag får Hassan Wario och Stephen arap Soi sina straff.
Fyra andra tjänstemän, inklusive den tidigare generalsekreteraren för Kenyas olympiska kommitté, frikändes från samtliga åtalspunkter.
Wario arbetade som Kenyas ambassadör i Österrike när han greps i oktober 2018.
Kenya kom på 15:e plats i medaljligan i OS 2016, med sammanlagt 13 medaljer.