28-åringen från Tärendö fick revansch för vallamissen i fredagens sprint.
När det vankades fristil över fem kilometer var det helt annat bett för Charlotte Kalla.
Norska Therese Johaug gick det inte att göra något åt, men Kalla gick i mål som tvåa.
Vid första mellantiden låg Piteå Elit-åkaren 6,8 sekunder efter Johaug. Det ökade till 9,4 sekunder efter 3,1 kilometer.
I mål var Charlotte Kalla tvåa med 17,6 sekunder efter den norska suveränen. Men det borde ha varit ett par sekunder färre om inte 28-åringen hade ramlat i sista uppförsbacken när hon skulle köra om koreanska Chaen Won-Lee och tyska Sandra Ringwald.
– Det är tungt att starta om i en så där brant backe, konstaterade SVT:s expert Anders Blomquist.
– Det blir så där när det är koreanskor och annat i backen.
Inför söndagens jaktstart har Kalla 15,5 sekunder upp till Therese Johaug.
Själv var Kalla inte helt nöjd med sitt lopp.
– Nej, det känns som att jag kan bättre än så här, sade hon i en intervju med SVT,