Marcus Hellner inledde bra, fortsatte sämre och krockade i förra etappen med en funktionär i en nedförsbacke.
Tour de Ski 2015 har inte gått Gällivareåkarens väg.
Under lördagen ställdes åkarna inför masstart på 15 kilometer klassiskt.
Tysken Tim Scharnke vann före Kazakastans Alexey Poltoranin och schweizaren Dario Cologna på tredje plats.
Simon Andersson var bäste svensk med en 20:e plats, åtta sekunder efter tättrion.
Marcus Hellner näst bäste svensk på en 25:e plats, tolv sekunder efter.
Petter Northug gick ut i ledning, men tappade till 21:a plats.
Calle Halfvarsson gick ut som andra placerade totalt i touren, men slutade på 27:e plats.
Hellner har dryga tre minuter upp till täten inför söndagens avslutande mardrömsklättring i slalombacken.